|
|
Základ strukturně-funkční studie vybraných enzymů 4-alkyl- L-prolinové dráhy
Zachovalová, Veronika ; Zdvořáková, Lucie (vedoucí práce) ; Košek, Dalibor (oponent)
4-alkyl-L-prolinový derivát (APD) je stavebním blokem několika důležitých bioaktivních specializovaných metabolitů produkovaných aktinobakteriemi. Nachází se například ve struktuře antibiotika linkomycinu, bakteriálního hormonu s antimikrobiálním účinkem hormaomycinu, antituberkulotika griselimycinu či pyrrolo-1,4-benzodiazepinů (PBD), které mají protinádorové účinky. APD, či jejich prekursory, vznikají z L-leucinu či L-tyrosinu v unikátní biosyntetické dráze tvořené až šesti homologními proteiny označovanými Apd1 - Apd6. První část práce pokládá základ krystalizační studii SAM-závislé methyltransferasy Apd3 z biosyntézy linkomycinu - proteinu LmbW, za účelem objasnění skutečné podoby přirozeného substrátu tohoto proteinu, který je stále předmětem vědeckých diskuzí. Byla optimalizována metoda purifikace poskytující protein LmbW dostatečné kvantity, kvality a čistoty pro krystalizaci, následně byly definovány základní krystalizační podmínky umožňující růst krystalů. Druhá část práce se zabývá objasněním odlišné reakční specifity Apd6 homologních proteinů - F420H2-závislých oxidoreduktas, katalyzujících jedno- (Por15 - biosyntéza PBD porothramycinu) či dvojnásobnou (LmbY - biosyntéza linkomycinu) redukci na identickém substrátu se dvěma konjugovanými dvojnými vazbami. Na základě recentně vyřešené...
|
|
|
Role F420-dependentních oxidoreduktáz u aktinobakterií
Kekrt, Lukáš ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Palyzová, Andrea (oponent)
je neobvyklý kofaktor účastnící se oxidoredukčních reakcí v buňkách některých mikroorganismů. Role závislých oxidoreduktáz byla obsáhle popsána případě centrálního metabolismu archea, zejména methanogenů. Naproti tomu aktinobakterií je naše znalost o těchto enzymech velmi omezená. Tato práce se zabývá charakterizací vybraných oxidoreduktáz aktinobakterií rodiny hydridových transferas odvozených od luciferas, u kterých se předpokládá, že využívají kofaktor F . Konkrétně se jedná o biosyntetické proteiny Apd6 a jejich sekvenční homology. Byly připraveny a purifikovány tři rekombinantní proteiny, jejichž enzymová aktivita byla testována v přítomnosti a souboru hypotetických substrátů prostřednictvím reakcí. Produkty reakcí byly monitorovány pomocí kapalinové chromatografie s UV a hmotnostně spektrometrickou detekcí. Prostřednictvím reakcí byly detekovány některé z očekávaných reakčních produktů a odpovídající proteiny tedy byly katalyticky aktivní. Jeden z proteinů překvapivě vykázal neobvyklou reakční specifitu. Klíčová slova: specializovaný metabolismus, aktinobakterie, kofaktor , oxidoredukční reakce, reakční specifita, 4 prolinové deriváty.
|
|
|
Biosyntéza propylprolinové stavební jednotky linkomycinu
Jirásková, Petra ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Čejková, Alena (oponent) ; Fišer, Radovan (oponent)
Klinicky využívané antibiotikum linkomycin se skládá z aminocukerné a aminokyselinové části, kterou je 4-propyl-L-prolin (PPL). Tato jednotka je velmi důležitá z hlediska bioaktivity tohoto antibiotika, což je patrné z nižší aktivity příbuzného antibiotika celesticetinu, který inkorporuje do struktury proteinogenní L-prolin. Genové shluky pro biosyntézu obou linkosamidů jsou publikovány a odrážejí společný základ - biosyntézu aminocukerného prekurzoru a kondenzační reakce. Ovšem v genovém shluku pro biosyntézu linkomycinu se nacházejí navíc geny kódující biosyntézu specifické aminokyseliny PPL. Tento alkylprolinový derivát (APD) má společný biosyntetický původ s dalšími APD, které jsou součástí struktur protinádorových pyrrolobenzodiazepinů a signální molekuly hormaomycinu, což se odráží i v přítomnosti homologních genů v jejich genových shlucích. Výsledky výzkumu biosyntézy PPL se tedy uplatní pro větší skupinu přírodních látek. První celkový koncept biosyntézy APD byl publikován již před čtyřiceti lety. Milníkem byl pak rok 1995, kdy byl publikován genový shluk pro biosyntézu linkomycinu a k jednotlivým reakcím biosyntézy byly navrženy konkrétní genové produkty. Funkční prokázání proteinů bylo provedeno zatím u prvních dvou kroků biosyntézy APD (proteiny LmbB2 a LmbB1), která vychází z...
|
host ::
RSS.